La Conférence des Parties (CdP) a établi sept programmes de travail thématiques (listés ci-dessous) correspondant à certains des principaux biomes de la planète. Chaque programme établit une vision et des principes de base afin de guider les travaux futurs. Ils exposent également les principaux points à examiner, identifient les résultats potentiels, et proposent un calendrier et des moyens pour les réaliser. La mise en œuvre des programmes de travail dépend des contributions des Parties, du Secrétariat, des organisations intergouvernementales et d'autres organisations. Périodiquement, la CdP et l'OSASTT examinent l'état de la mise en œuvre des programmes de travail.

La CdP a également entrepris des travaux sur les questions clés pertinentes à tous les domaines thématiques. Ces questions transectorielles correspondent aux enjeux abordés dans les provisions de fond de la Convention aux articles 6 à 20, et fournissent des liens entre les programmes thématiques. Certaines questions transectorielles appuient directement les travaux des programmes thématiques. Par exemple, les travaux sur les indicateurs fournissent de l'information sur le statut et les tendances de la biodiversité pour tous les biomes. D'autres élaborent des produits spécifiques tout à fait distincts des programmes thématiques. Les travaux effectués pour ces questions transectorielles ont conduit à un certain nombre de principes, de lignes directrices et d'autres outils afin de faciliter la mise en œuvre de la Convention et l'accomplissement de l'objectif biodiversité de 2010.

Pour la mise en oeuvre de la Convention, l’implication des parties prenantes est nécessaire et ainsi encouragée et soutenue par le Secrétariat. La liste ci-dessous fournit des liens vers des initiatives pour plusieurs groupes distincts :